Apartir do episódio 26, a história para de seguir o mangá
Dica: Para quem acompanhou o primeiro anime, pular para a fase Brotherhood já que apartir do episódio 26 os episódios são fillers, ou seja, o fim real do mangá não é contado nessa versão.
Obs: O episódio 25 equivale ao 10 do Broterhood (Pule os episódios iniciais se quiser, pois a única diferença é que o personagem Edward já é um alquimista federal desdo início do Brotherhood)
Episódio 01 – Aqueles que desafiam o sol
Episódio 02 – Corpo Proibido
Episódio 03 – Mamãe
Episódio 04 – Criando Amor
Episódio 05 – Arrancada a velocidade máximo automail
Episódio 06 – State Alchemist Qualification Exam
Episódio 07 – A Noite,o choro da quimera
Episódio 08 – A Pedra Filosofal
Episódio 09 – O turno prateado do cão militar
Episódio 10 – A ladra sedutora
Episódio 11 – Terra de Cascalhos – Parte Um
Episódio 12 – Terra de Cascalhos – Parte Dois
Episódio 13 – Flame vs Full Metal
Episódio 14 – A mão direita da destruição
Episódio 15 – O massacre de Ishbar
Episódio 16 – A Perda
Episódio 17 – A Casa em que a família espera
Episódio 18 – O aviso de Marco
Episódio 19 – A verdadeira verdade atrás das verdades
Episódio 20 – O guardião da alma
Episódio 21 – O vermelho fluente
Episódio 22 – Humano Criado
Episódio 23 – Coração de Ferro
Episódio 24 – Fixando Memórias
Episódio 25 – Cerimônia de Despedida
Episódio 26 – Sua Razão
Episódio 27 – Sensei
Episódio 28 – Tudo é um.Um é tudo.
Episódio 29 – Criança Pura
Episódio 30 – Investido do Quartel Sul
Episódio 31 – Pecado
Episódio 32 – A Profunda Floresta de Dante
Episódio 33 – Al Sequestrado
Episódio 34 – Teoria de Greed
Episódio 35 – Reunião dos Idiotas
Episódio 36 – O Pecador dentro de mim
Episódio 37 – O Tenente Lutador
Episódio 38 – Com a correnteza do rio
Episódio 39 – Guerra Civil Oriental
Episódio 40 – A Cicatriz
Episódio 41 – Mãe sagrada
Episódio 42 – Sem Saber o Nome Dele
Episódio 43 – O cão desgarrado fugiu
Episódio 44 – Hohenheim da Luz
Episódio 45 – Aquela que deixa o seu coração apodrecer
Episódio 46 – Transmutação Humana
Episódio 47 – Selo Homunculus
Episódio 48 – Adeus
Episódio 49 – Além do Portão
Episódio 50 – Morte
Episódio 51- Munique 1921 (FINAL)